Za zobowiązania wynikające z obligacji odpowiada emitent całym swoim majątkiem – obecnym i przyszłym. Jednak wartość tego majątku z czasem może się zmniejszyć, co w razie niewypłacalności emitenta narazi obligatariuszy na utratę całego lub części zainwestowanego kapitału. Może dojść do sytuacji, że pozostały majątek po zaspokojeniu wierzycieli, którzy mają pierwszeństwo przed obligatariuszami, nie wystarczy na zaspokojenie roszczeń obligatariuszy. W skrajnym przypadku może również dojść do upadłości emitenta. W interesie przyszłych nabywców obligacji może on więc postanowić o ustanowieniu zabezpieczeń majątkowych.

Do najczęściej stosowanych zabezpieczeń należą: hipoteka na nieruchomości, poręczenie, zastaw i gwarancja. Mogą być również stosowane poręczenia cywilno-prawne osób fizycznych. Obligacje zabezpieczone nie mogą być wydawane przed ustanowieniem zabezpieczeń, a w przypadku obligacji zdematerializowanych nie może być dokonany zapis na rachunku obligatariusza w ewidencji prowadzonej przez uprawniony w tym zakresie podmiot.

Obligacje mogą być zabezpieczone w pełni, częściowo lub być niezabezpieczone, co ma wpływ na ryzyko inwestycyjne. Zabezpieczenie wierzytelności leży więc w interesie emitenta. Nie zawsze jednak istnieją ku temu możliwości, ponadto z ustanowieniem zabezpieczeń wiążą się koszty oraz dodatkowe obowiązki.

Emitent może, a w przypadku zabezpieczenia emisji poręczeniem lub gwarancją Skarbu Państwa jest obowiązany, gdy liczba nabywców obligacji jest wyższa niż 15, zawrzeć z bankiem umowę o reprezentację obligatariuszy. Bank-reprezentant, pełniąc funkcję przedstawiciela ustawowego obligatariuszy, jest zobowiązany do:
(i) monitorowania sytuacji finansowej emitenta, (ii) udzielania odpowiedzi na pytania obligatariuszy dotyczące sytuacji emitenta, (iii) składania obligatariuszom co najmniej raz na pół roku informacji w tym zakresie, (iv) niezwłocznego powiadamiania obligatariuszy o wszelkich zagrożeniach lub naruszeniach obowiązków spoczywających na emitencie.