Oprocentowanie obligacji stanowi wynagrodzenie dla obligatariusza za udzieloną pożyczkę, w którym są uwzględnione utracone korzyści oraz ryzyko inwestycyjne. Oprocentowanie może być stałe lub zmienne; kupony odsetkowe są wypłacane zazwyczaj w okresach rocznych lub półrocznych.

Obligacje o stałym oprocentowaniu przynoszą obligatariuszom stały dochód, emitent ponosi natomiast stałe okresowe koszty. Przy takiej konstrukcji obligacji można określić koszt pozyskania kapitału już w dniu emisji.

W przypadku obligacji o zmiennym oprocentowaniu, jego wysokość jest sumą bazy oraz marży. Baza jest wielkością zmienną i najczęściej jest oparta na rynkowym koszcie pieniądza, np. WIBOR lub rentowność bonów skarbowych. Z kolei marża, która jest ustalana przez emitenta, zależy głównie od poziomu ryzyka związanego z obligacjami oraz emitentem.

Wynagrodzeniem z tytułu posiadania obligacji może być również ustalone dyskonto przy ich sprzedaży. Ze względu na brak kuponów odsetkowych tego rodzaju papiery wartościowe są określane mianem obligacji zerokuponowych i podlegają wykupowi po cenie równej wartości nominalnej. Zapewniają one obligatariuszom stały dochód, który materializuje się w dniu wykupu.